Per poter abilitare il joystick, andate nella directory
data e aprite il file mugen.cfg, e cercate: 
[Input]
P1.UseKeyboard = 1 : P2.UseKeyboard = 1
P1.UseJoystick = 0 ;Note: Only one player may
use the joystick at a time.
P2.UseJoystick = 0 - Joystick type:
;1 - Autodetect (not reliable under DOS)
;4 - 4 button : 6 - 6 button
;8 - 8 button : 20 - Sidewinder
;21 - SNESKey : 22 - PSX pad
;23 - N64 pad
P1.Joystick.type = 6 ;Valid numbers are 0 (disable), 2,4 or 6
P2.Joystick.type = 6
ForceFeedback = 0 ;True to enable force feedback
Se volete che sia il giocatore 1 a usare il joystick, ponete
P1.UseJoystick = 1, altrimenti mettete uno al player 2.
Inoltre dovete selezionare il tipo di joystick ponendo
P1.Joystick.type = 6 se avete un joystick a 6 pulsanti,
altri valori validi sono 2 e 4. Se invece è il secondo giocatore a usare il joystick, dovete modificare il parametro per il secondo giocatore ( P2 ).
NB: Attualmente il mugen supporta solo un joystick, non è possibile usarne 2